La Maison de la Nature est agréée organisme de formation professionnelle. À ce titre, elle participe aux formations mises en place par les CPIE de Franche-Comté :

- le BPJEPS EEDD (niveau IV) qui a pour but de former des Animateurs Environnement et Développement Durable. A l’issue de cette formation, les animateurs professionnels peuvent encadrer des actions d'animation pour enfants ou adultes, comprenant des activités de découverte de la nature et du patrimoine environnemental.

- la formation d’Éco-interprètes (niveau II). Chaque stagiaire est appelé à devenir chef de projet à la fois pédagogique et médiateur. Il initie des actions de sensibilisation, d’information et de formation, qu’il conçoit, organise et gère. Il vise à responsabiliser les enfants, les adultes et décideurs vis-à-vis de l’environnement.

Ces formations font l’objet de conventions avec le Conseil Régional et sont coordonnées et pilotées par le CPIE de la Bresse du Jura.

La Maison de la Nature développe par ailleurs des formations aux éco-gestes à destination d’organismes de la formation professionnelle et d’entreprises.